Pengurutan SMRT didasarkan pada pengurutan dengan sintesis yang ada. The DNA disintesis di nol-modus gelombang-panduan (ZMWs) - kecil baik-seperti kontainer dengan alat menangkap terletak di bagian bawah sumur. Pengurutan dilakukan dengan menggunakan polimerase yang tidak dimodifikasi (melekat pada dasar ZMW) dan nukleotida berlabel fluoresen mengalir bebas dalam larutan. Sumur dibangun sedemikian rupa sehingga hanya fluoresensi yang terjadi di dasar sumur yang terdeteksi. Label fluoresen terlepas dari nukleotida setelah penggabungannya ke dalam untai DNA, meninggalkan DNA yang tidak dimodifikasi DNA untai. Menurut Pacific Biosciences (PacBio), pengembang teknologi SMRT, metodologi ini memungkinkan deteksi modifikasi nukleotida (seperti metilasi sitosin). Ini terjadi melalui pernyataan kinetika polimerase. Ini memungkinkan analisis 20.000 nukleotida atau lebih, dengan panjang baca rata-rata 5 kilobase. Pada tahun 2015, Pacific Biosciences mengumumkan peluncuran instrumen sekuensing baru yang disebut Sistem Sekuel, dengan 1 juta ZMW dibandingkan dengan 150.000 ZMW dalam instrumen PacBio RS II. Pengurutan SMRT disebut sebagai pengurutan "generasi ketiga" atau "baca panjang".
Gambar 151A | Beberapa analisis penggabungan yang terfragmentasi harus dikumpulkan bersama berdasarkan area yang tumpang tindih. | Suspencewl / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Mapping_Reads.png) dari Wikimedia Commons
Penulis : Milos Pawlowski
Komentar
Posting Komentar