Dua metode digunakan dalam menyiapkan template untuk reaksi NGS : template diperkuat yang berasal dari molekul tunggal DNA, dan template molekul tunggal DNA. Untuk sistem pencitraan yang tidak dapat menemukan peristiwa fluoresensi tunggal, amplifikasi template DNA diperlukan. Tiga metode amplifikasi yang paling umum adalah emulsi PCR PCR (emPCR), lingkaran bergulir, dan amplifikasi fase padat. Distribusi templat terakhir dapat acak spasial atau dalam kisi.
Emulsi PCR
Dalam metode emulsi PCR, pustaka DNA pertama kali dihasilkan melalui fragmentasi acak genom DNA. Untai tunggal DNA fragmen (template) yang melekat pada permukaan manik-manik dengan adapter atau linker, dan satu manik melekat satu DNA fragmen dari DNA perpustakaan. Permukaan manik-manik berisi probe oligonukleotida dengan urutan yang melengkapi adaptor yang mengikat fragmen DNA. Manik-manik tersebut kemudian dikelompokkan menjadi tetesan emulsi minyak-air. Dalam emulsi air-minyak encer, masing-masing tetesan yang menangkap satu manik adalah PCR mikroreaktor yang menghasilkan salinan amplifikasi dari template tunggal DNA .
Gambar 155A | Teknologi PacBio SMRT dan Oxford Nanopore dapat menggunakan DNA yang tidak diubah untuk menghadapi metilasi. | Nivretta Thatra / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:3rd_gen_Epigenetics.png) dari Wikimedia Commons
Penulis : Yavor Mendel
Komentar
Posting Komentar