Poin utamanya adalah mengumpulkan sejumlah biomassa mikroba yang cukup untuk melakukan sekuensing dan meminimalkan kontaminasi sampel; untuk alasan ini, teknik pengayaan dapat digunakan. Khususnya, operasi ekstraksi DNA harus baik untuk setiap strain bakteri, bukan untuk memiliki genom yang mudah dilisiskan. Lisis mekanis biasanya lebih disukai sebagai pengganti daripada lisis kimiawi, dan pemukulan manik dapat menyebabkan hilangnya DNA saat menyiapkan perpustakaan.
Persiapan perpustakaan dan pengurutan
Platform yang paling banyak digunakan adalah Illumina, Ion Torrent, Oxford Nanopore MinION dan Pacific Bioscience Sequel, meskipun platform Illumina dianggap sebagai pilihan yang paling menarik karena ketersediaannya yang luas, keluaran dan keakuratan yang tinggi. Tidak ada indikasi tentang jumlah sampel yang tepat untuk digunakan.
Perakitan metagenom
Pendekatan de novo dieksploitasi; meskipun demikian, hal ini menghadirkan beberapa kesulitan yang harus diatasi. Cakupannya bergantung pada setiap kelimpahan genom dalam komunitas spesifiknya; genom dengan kelimpahan rendah dapat mengalami fragmentasi jika kedalaman sekuensing tidak cukup untuk menghindari pembentukan celah. Untungnya, ada assembler khusus metagenome untuk membantu, karena, jika ada ratusan strain, kedalaman sekuensing perlu ditingkatkan hingga maksimum.
Gambar 331A | Diagram alir yang menggambarkan bagaimana mikrobioma manusia dipelajari pada tingkat DNA. | Axtian / Attribution-Share Alike Attribution-Share Alike 3.0 Unported | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Microbiome_analysis_flowchart.png) dari Wikimedia Commons
Penulis : Rogers Nilstrem
Komentar
Posting Komentar