Contig yang salah arah hadir dalam genom referensi pada tingkat yang signifikan (mis. 1% pada genom referensi tikus). Strand-seq, sementara metode pengurutan konvensional, dapat mengungkap misorientasi ini. Contig misorientasi hadir di mana pewarisan untai berubah dari satu keadaan homozigot ke yang lain (mis. WW ke CC, atau CC ke WW). Selain itu, perubahan status ini terlihat di setiap pustaka Strand-seq, memperkuat keberadaan contig yang salah arah.
Mengidentifikasi segregasi non-acak kromatid saudara
Sebelum tahun 1960-an, diasumsikan bahwa kromatid saudara dipisahkan secara acak menjadi sel anak. Namun, pemisahan non-acak kromatid saudara telah diamati pada sel mamalia sejak saat itu. Ada beberapa hipotesis yang diajukan untuk menjelaskan segregasi non-acak, termasuk postulat Immortal Strand dan postulat Silent Sister, yang salah satunya diharapkan dapat diverifikasi dengan metode yang melibatkan Strand-seq.
'' Hipotesis Untai Abadi ''
Gambar 263A | Output BAIT, menampilkan jumlah pembacaan untuk untai Watson (W, hijau) dan Crick (C, biru). Setiap bilah enumerasi baca menunjukkan jumlah analisis yang diselaraskan dengan bin 200 kb tertentu dari genom referensi. Dari sini, pewarisan untai template orang tua disimpulkan. Seperti, jika kedua salinan segmen kromosom 200-kb di sel anak disintesis dari untai templat Watson di sel induk, ini akan diwakili oleh bilah hijau besar yang menunjukkan keselarasan W murni di wilayah kromosom itu. Selain itu, peralihan antara status homozigot dan heterozigot pewarisan untai template ditafsirkan sebagai pertukaran kromatid saudara (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Penulis : Yavor Mendel
Komentar
Posting Komentar