Strand-seq awalnya diusulkan sebagai alat untuk mengungkapkan pertukaran kromatid saudara. Menjadi tindakan yang dilokalkan ke sel individu, DNA sekuens lebih dari satu sel akan benar-benar menyebarkan efek ini dan menyarankan tidak adanya peristiwa SCE. Selain itu, teknik sekuensing sel tunggal klasik tidak dapat menunjukkan peristiwa ini karena bias amplifikasi yang heterogen dan informasi penggabungan untai ganda, sehingga memerlukan Strand-seq. Dengan menggunakan informasi penyelarasan referensi, peneliti dapat mengungkapkan SCE jika arah untai template yang diwariskan berubah.
Mengidentifikasi contig yang salah arah
Contig yang salah arah hadir dalam genom referensi pada tingkat yang signifikan (mis. 1% pada genom referensi tikus). Strand-seq, sementara metode pengurutan konvensional, dapat mengungkap misorientasi ini. Contig misorientasi hadir di mana pewarisan untai berubah dari satu keadaan homozigot ke yang lain (mis. WW ke CC, atau CC ke WW). Selain itu, perubahan status ini terlihat di setiap pustaka Strand-seq, memperkuat keberadaan contig yang salah arah.
Gambar 263A | Output BAIT, menampilkan jumlah pembacaan untuk untai Watson (W, hijau) dan Crick (C, biru). Setiap bilah enumerasi baca menunjukkan jumlah analisis yang diselaraskan dengan bin 200 kb tertentu dari genom referensi. Dari sini, pewarisan untai template orang tua disimpulkan. Seperti, jika kedua salinan segmen kromosom 200-kb di sel anak disintesis dari untai templat Watson di sel induk, ini akan diwakili oleh bilah hijau besar yang menunjukkan keselarasan W murni di wilayah kromosom itu. Selain itu, peralihan antara status homozigot dan heterozigot pewarisan untai template ditafsirkan sebagai pertukaran kromatid saudara (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Penulis : Yavor Mendel
Komentar
Posting Komentar